实际实务操作中，税务机关对政府返还资金税务处理有关认定，主要依据实质重于形式的原则，分析政府和企业签订的相关协议约定内容进行判定，政府返还资金使用用途不同，税务机关在税务检查处理上也将存在很大差别。

举例：A企业主要从事新材料开发，与某市开发区政府达成合作协议，出让给A企业20亩土地进行自建科技办公大楼，科技办公大楼建筑面为4万平方米，约定A企业必须自持自用2万平方米不得对外销售，剩余2万平方米A企业可直接对外销售。每亩土地价格为900万/亩，A企业全额缴纳后政府再向A企业进行返还5000万元财政资金用于A企业日常经营补贴。A企业收到5000万元财政资金如何进行税务处理？

一、增值税税务处理

A企业收到5000万元财政资金是否属于增值税应税收入，需要通过分析政府与A企业签订相关协议内容进行判定，案例中A企业取得5000万元财政资金主要用于日常经营补贴，并没有与其销售货物、劳务、服务、无形资产、不动产的收入或者数量直接挂钩。

根据《国家税务总局关于取消增值税扣税凭证认证确认期限等增值税征管问题的公告》（国家税务总局公告2019年第45号）规定：纳税人取得的财政补贴收入，与其销售货物、劳务、服务、无形资产、不动产的收入或者数量直接挂钩的，应按规定计算缴纳增值税。纳税人取得的其他情形的财政补贴收入，不属于增值税应税收入，不征收增值税。A企业取得5000万元财政补贴资金，属于其他情形的财政补贴收入，不征收增值税。

二、企业所得税税务处理

A企业收到5000万元财政资金，属于企业所得税法第六条规定，企业以货币形式从各种来源取得的收入，为收入总额。若A企业收到5000万元财政资金，符合财政部、国家税务总局《关于专项用途财政性资金企业所得税处理问题的通知》（财税[2011]70号）不征税收入条件规定，可以作为不征税税收入。同时符合不征收收入三个条件规定如下：

1.企业能够提供规定资金专项用途的资金拨付文件。

2.财政部门或其他拨付资金的政府部门对该资金有专门的资金管理办法或具体管理要求。

3.企业对该资金以及以该资金发生的支出单独进行核算。

若A企业取得5000万元财政补贴资金，符合财税[2011]70号规定的不征税收入条件，可以作为不征税收入处理。但是同时根据财税[2011]70号第二条规定，不征税收入用于支出所形成的费用，不得在计算应纳税所得额时扣除；用于支出所形成的资产，其计算的折旧、摊销不得在计算应纳税所得额时扣除。

三、土地增值税税务处理

A企业与政府有约定可以对外销售的建筑面积为2万平方米，根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》第六条规定，取得土地使用权所支付的金额可以作为计算增值额的扣除项目。A企业取得5000万元财政资在土地增值税税务处理上是否冲减土地成本对计算土地增值税有重大影响。

若A企业取得5000万元财政补贴资金在土地增值税税务处理时采取直接冲减土地成本方式，由于可扣除的土地成本减少，那么再计算转让2万平方米办公大楼时，不考虑其他因素影响，土地增值税税负成本会升高。实务操作中到底是否冲减土地成本各地操作不一致，有一定的税务争议。

从各地规定可以看出，企业取得政府财政返还款在计算土地增值税时，要求冲减土地成本。后续A企业还需要进一步跟主管税务机关进行沟通确认。

四、房产税税务处理

A企业与政府有约定必须自持自用2万平方米不得对外销售。依据《关于安置残疾人就业单位城镇土地使用税等政策的通知》财税[2010]121号文第三条规定，对按照房产原值计税的房产，无论会计上如何核算，房产原值均应包含地价。

若A企业取得5000万元财政补贴资金在计算自持自用房产税税务处理时采取直接冲减土地成本方式，那么A企业计算房产税房产原值包含的地价是冲减后的地价，相应计算缴纳房产税会减少。但是实务操作中若按冲减后的地价计入房产原值可能会被税务机关认为少计地价，少缴纳房产税。

计算房产税房产原值确定，主要依据《关于安置残疾人就业单位城镇土地使用税等政策的通知》财税[2010]121号文第三条规定。后续A企业还需要进一步跟主管税务机关进行沟通确认。

通过分析，若A企业取得5000万元财政补贴资金采取不冲减土地成本方式，在不考虑其他影响因素条件下，土地增值税税负成本下降，房产税税务税负成本上升。反之，若5000万元财政补贴资金采取冲减土地成本方式，土地增值税税负成本上升，房产税税负成本下降。但针对同一事项税务机关需要考虑不能对两个税种采取不同的税务处理方式，即土地增值税采用冲减土地成本方式，房产税采用不冲减土地成本方式。在政府返还款的实务操作税务处理问题上，房产税、土地增值税税务处理应当保持一致，税务机关不能仅从多征税款的角度分别采用不同的税务处理方式。由于房产税和土地增值税都属于地方税，若企业在实务操作中遇到以上类似问题，建议企业加强风险意识，多咨询税务专业机构同时积极与主管税务机关进行充分沟通，争取采取最有利于企业的税务处理方式，以达到企业整体税负成本最低目标。